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國軍勇固案將原國防部參謀本部防空飛彈指揮部，再度併入空軍防空砲兵指揮部，特種飛彈雄二E型巡弋飛彈也隨之移編，空軍將展開編裝作業。

國軍飛彈部隊指揮權近十年來歷經三度變革，在防空飛彈、攻陸飛彈指揮權回歸空軍後，國軍發展不對稱作戰，在民進黨執政時期，比照中共二砲部隊，為飛彈部隊設計仿若第四軍種位階與指揮層級，將在勇固案後告一段落。

空軍司令部說，防空飛彈指揮部是否移編空軍，因國防部正研擬勇固案兵力結構調整，相關規畫尚未形成政策，後續將依國防部指導辦理。至於特種飛彈是否一併移編，目前移編調整事宜尚未明確指導。

原隸屬陸軍的飛彈指揮部，民國93年配合國軍精進案，納入海軍岸置雄風一、二型反艦飛彈，編成飛彈司令部，改隸國防部參謀本部。95年國防部長李傑將防空與制海飛彈指揮權還給海空軍，名義上仍由參謀本部管轄，稱為國防部參謀本部飛彈指揮部。

101年國防部長高華柱又將鷹式、天弓與愛國者等中高空防空飛彈的指揮權，整併回參謀本部。

中長程防空飛彈再次回歸空軍，將領認為，除空軍有長程預警雷達，掌握主力防空飛彈，有助整合反導彈任務外，也有助解決在軍政軍令一元化後，由參謀總長兼任飛彈督考業務，對指揮層級造成的矛盾。