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海研五號不幸失事沉沒，外界質疑船務外包肇禍，國研院指出，委外管理考量專業分工及提升管理效率，並非為了節省經費。

至於外傳海研五號本航次為三個月整組人員輪替新手，國研院說，並非事實。

國研院表示，為提高人力運用效率，委外的船務公司可視海研五號及其他船舶船期機動調動人員互相支援，但不允許固定時間整組輪替的情形發生。本航次主要船員均具備海研五號操作經驗，絕非新手。

肩負國人「海洋興國」的殷切期望，船體造價新台幣14.6億元的海研五號，風光下水啟用 2年多，卻不幸在10日失事沉沒澎湖外海，外界嘩然，質疑是船務外包及新手肇禍。

負責管理海研五號的科技部所屬財團法人國家實驗研究院指出，設置台灣海洋科技研究中心，在於推動國內海洋科學相關研究，海洋研究船為研究探測必備工具，但不屬於海洋中心成立目標，且在編制內設置船務操作編組，無法以具競爭力待遇吸引船務操作專才。

國研院表示，基於專業分工原則，以委外方式辦理船務操作，方能與船務操作市場之專業人力結合交流，國外如鄰近日本，研究船規模大於海研五號，也是以委外方式辦理。

國研院進一步說，船員管理為根據「船員法」，而海洋中心人員是根據「勞基法」。將船員的調度、差勤、考績等管理事務，交由委外公司負責，有於海洋中心的研究及技術人員專注於海洋科學研究及探測作業，並提升管理效率。

對外界以「派遣工」形容，國研院認為，透過委外所延聘專才，均需具備相關證照，與「派遣工」層次相差甚多，不宜貶低船務操作專業。