在馬總統拍板下，海巡署耗資百億籌建八艘配備直升機飛行甲板的巡防艦，甲板就花了三億餘元，但審計部卻指出，其中六艘新艦飛行甲板長度不足，未來海用型黑鷹直升機無法降落；而兩艘3000噸級救難艦的直升機庫，寬度竟太窄，預定配合執勤的空勤總隊海豚直升機，進不了機庫。

在機、艦無法組合情況下，直升機無法降落海巡艦，造成飛行甲板閒置。海巡署上午回應，該署9月將依支援協定，請海軍支援訓練直升機落艦指揮人員，預定11月15日在即將交船的3000噸級宜蘭艦上，首度進行海豚直升機降落作業。

政府撥付百億元給海巡打造新艦，最主要的戰略目標，是要讓海巡艦艇火力加大，且直升機可以隨艦執勤，建立三度空間立體巡防能量。但審計部發現，洋巡總局在艦艇上的20機砲，有4個海巡隊近兩年根本未曾實彈射擊；鉅資所建構新艦，飛行甲板卻無法讓黑鷹直升機降落，機庫停不進直升機，相當離譜。

審計部送到立法院的中央政府總決算審核報告中指出，空勤總隊有10架AS-365海豚直升機，國防部未來移撥空勤總隊的15架黑鷹直升機，其中也有6架規劃用於海上救難。而黑鷹直升機機身長度19.76公尺，但海巡署興建8艘新艦中，除兩艘3000噸救難艦有24.5公尺的飛行甲板可停降黑鷹，其餘1000、2000噸級艦飛行甲板，僅17.9到19公尺，長度不足，黑鷹直升機無用武之地。

>審計部還指出，海豚機旋翼片長11.94公尺，海巡3000噸級救難艦機庫寬度只有6公尺，直升機旋翼要折疊才能進機庫，但空勤總隊不會折疊旋翼，沒訓練，也沒工具，3000噸級巡防救難艦機庫有虛設疑慮。而據指出，海巡署2000噸級巡防艦直升機庫，同樣面臨這個問題。